More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2073 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 297 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  56.94 
 
 		 277 aa  287  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  51.88 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 246 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  44.79 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  45.33 
 
 		 259 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.63 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.49 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.43 
 
 		 244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  33.91 
 
 		 247 aa  162  9e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  32.98 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  32.98 
 
 		 267 aa  160  2e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.91 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.56 
 
 		 247 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 252 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 248 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  33.67 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.05 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.05 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.25 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.24 
 
 		 256 aa  152  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.04 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  35.86 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  35.86 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 256 aa  150  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  38.14 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  33.67 
 
 		 252 aa  150  3e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  150  4e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  30.9 
 
 		 245 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  33.56 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.11 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  35.99 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  32.87 
 
 		 249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.84 
 
 		 265 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.01 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 244 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  33.67 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  34.49 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  34.59 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  29.72 
 
 		 260 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  34.72 
 
 		 280 aa  143  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  32.87 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  30.45 
 
 		 248 aa  143  4e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 250 aa  142  5e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  31.38 
 
 		 244 aa  142  5e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  34.86 
 
 		 259 aa  142  6e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  34.93 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  35.93 
 
 		 249 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  31.38 
 
 		 244 aa  142  8e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.31 
 
 		 258 aa  142  9e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.45 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  30.1 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  35.4 
 
 		 246 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 244 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  38.7 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  35.4 
 
 		 249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  32.18 
 
 		 248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 245 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.3 
 
 		 244 aa  139  6e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.76 
 
 		 246 aa  139  6e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 252 aa  139  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 262 aa  139  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  34.72 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.68 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  32.07 
 
 		 262 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.1 
 
 		 245 aa  138  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  37.07 
 
 		 271 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.8 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  32.3 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  32.86 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  35.47 
 
 		 250 aa  136  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  32.06 
 
 		 263 aa  136  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 264 aa  136  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 260 aa  136  5e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 270 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>