More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2707 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
278 aa  569  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  51.88 
 
 
297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  52.42 
 
 
246 aa  259  3e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  56.03 
 
 
277 aa  249  5e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  50.74 
 
 
259 aa  242  5e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  47.96 
 
 
254 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 
244 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  39.49 
 
 
258 aa  178  8e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.13 
 
 
252 aa  176  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
252 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  37.13 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
247 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
247 aa  171  9e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
247 aa  171  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
252 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
247 aa  171  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
252 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.6 
 
 
247 aa  169  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 
250 aa  168  8e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 
256 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.69 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  40.5 
 
 
278 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 
244 aa  166  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 
246 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.81 
 
 
245 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.03 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  39.49 
 
 
266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  35.84 
 
 
270 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.93 
 
 
259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 
244 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.63 
 
 
270 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  40.37 
 
 
245 aa  162  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
270 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  37.73 
 
 
264 aa  160  3e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  39.56 
 
 
249 aa  158  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
255 aa  158  9e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.63 
 
 
264 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 
259 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 
245 aa  157  2e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 
252 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
250 aa  156  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 
255 aa  156  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 
252 aa  155  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.66 
 
 
249 aa  155  9e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.56 
 
 
271 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
248 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.3 
 
 
261 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  36.56 
 
 
271 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
244 aa  153  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.3 
 
 
261 aa  154  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 
302 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
245 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 
261 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 
245 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 
261 aa  152  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.38 
 
 
278 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 
267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 
293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 
293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.53 
 
 
244 aa  152  7e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 
248 aa  152  7e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
264 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 
261 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
270 aa  151  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
245 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 
259 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
250 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
245 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 
264 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.09 
 
 
260 aa  149  5e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 
275 aa  149  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  33.56 
 
 
275 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.09 
 
 
245 aa  149  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  35.79 
 
 
249 aa  148  9e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 
262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 
265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  39.63 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.63 
 
 
274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  31.46 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.81 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.46 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  39.63 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.46 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.46 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>