More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3634 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 245 aa  511  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  52.05 
 
 		 244 aa  255  5e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  48.77 
 
 		 244 aa  247  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  49.39 
 
 		 245 aa  240  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  47.54 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  49.18 
 
 		 246 aa  232  5e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  49.18 
 
 		 246 aa  232  5e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  46.31 
 
 		 259 aa  228  6e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 244 aa  222  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 246 aa  221  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 262 aa  216  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  215  4e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 258 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 		 256 aa  212  4.9999999999999996e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 252 aa  211  7e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 252 aa  209  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.28 
 
 		 245 aa  208  5e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 252 aa  208  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.28 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  44.67 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 247 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 248 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 248 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.39 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 247 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 250 aa  204  1e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  46.25 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 256 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 247 aa  201  9e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 264 aa  198  7.999999999999999e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  43.09 
 
 		 246 aa  196  3e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 271 aa  189  4e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  188  5e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  188  5e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 264 aa  189  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  39.47 
 
 		 305 aa  188  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  188  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 252 aa  187  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 253 aa  182  5.0000000000000004e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 263 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 259 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.32 
 
 		 278 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 267 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 267 aa  180  2e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 264 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  38.28 
 
 		 289 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  41 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 264 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 258 aa  176  4e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 262 aa  172  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 273 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 251 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 255 aa  171  7.999999999999999e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 259 aa  171  9e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 268 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 271 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>