More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0139 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
258 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  73.39 
 
 
248 aa  383  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 
252 aa  305  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  57.32 
 
 
252 aa  305  6e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
252 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
252 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  57.96 
 
 
247 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
247 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
247 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
247 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
247 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  57.55 
 
 
252 aa  302  4.0000000000000003e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  57.32 
 
 
247 aa  296  2e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  45.67 
 
 
267 aa  238  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  45.67 
 
 
267 aa  238  5.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 
264 aa  235  5.0000000000000005e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 
258 aa  233  3e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  48.79 
 
 
256 aa  230  1e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  46.22 
 
 
267 aa  224  8e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 
248 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.87 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  45.97 
 
 
262 aa  214  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 
245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 
253 aa  212  3.9999999999999995e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 
244 aa  208  8e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  46.53 
 
 
246 aa  207  9e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
247 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 
244 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 
255 aa  201  9e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  42.68 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 
259 aa  199  3e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.46 
 
 
245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 
245 aa  193  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  41.7 
 
 
246 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  41.7 
 
 
246 aa  193  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
250 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 
247 aa  192  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 
246 aa  192  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 
256 aa  191  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  44.62 
 
 
263 aa  188  8e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 
244 aa  188  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 
261 aa  187  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
250 aa  186  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  43.32 
 
 
244 aa  186  3e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
244 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 
248 aa  185  5e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
252 aa  185  5e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 
244 aa  185  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
262 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 
248 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 
262 aa  183  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
244 aa  183  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
244 aa  182  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
271 aa  181  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
305 aa  181  1e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
246 aa  180  2e-44  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
261 aa  180  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
271 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 
264 aa  178  5.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 
259 aa  178  8e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
245 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 
245 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 
244 aa  177  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 
274 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 
273 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 
266 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 
251 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.94 
 
 
278 aa  176  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
252 aa  176  3e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
254 aa  176  4e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
351 aa  175  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
245 aa  175  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 
245 aa  175  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  39.77 
 
 
261 aa  175  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 
260 aa  175  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 
261 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
245 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  39.51 
 
 
264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
274 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 
302 aa  172  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 
261 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 
276 aa  172  6.999999999999999e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  39.49 
 
 
278 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
261 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
264 aa  171  9e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  40 
 
 
271 aa  171  9e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 
261 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  37.63 
 
 
297 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0650804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>