More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_21360 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 271 aa  558  1e-158  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  59.61 
 
 		 255 aa  296  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  58.2 
 
 		 273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  51.82 
 
 		 294 aa  245  4.9999999999999997e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  41.03 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.08 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 252 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 252 aa  165  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 247 aa  165  9e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 247 aa  165  9e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 247 aa  165  9e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 247 aa  165  9e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 264 aa  161  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.34 
 
 		 263 aa  161  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.19 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 248 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  42.64 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  42.07 
 
 		 346 aa  156  4e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.02 
 
 		 274 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  40.86 
 
 		 262 aa  156  4e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.01 
 
 		 245 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.58 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.76 
 
 		 244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  42.02 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  41.16 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 264 aa  151  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 261 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.11 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 244 aa  149  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 270 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  148  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  39.85 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  39.41 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 264 aa  146  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 247 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 245 aa  145  6e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 270 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 280 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 259 aa  145  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  39.77 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 302 aa  143  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 263 aa  143  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>