More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2938 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  80.71 
 
 		 297 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  57.3 
 
 		 297 aa  291  1e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  52.31 
 
 		 286 aa  268  5e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  49.83 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  52.61 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  54.38 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  50.18 
 
 		 287 aa  259  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  51.38 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 268 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  50.88 
 
 		 310 aa  253  3e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  49.47 
 
 		 279 aa  249  3e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  49.66 
 
 		 346 aa  241  1e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  49.12 
 
 		 288 aa  237  2e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 275 aa  232  5e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  47.72 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  50.75 
 
 		 297 aa  229  4e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  47.31 
 
 		 314 aa  223  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  46.81 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  47.87 
 
 		 300 aa  218  7.999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  44.01 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  46.81 
 
 		 276 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  44.09 
 
 		 273 aa  209  4e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  47.18 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  42.67 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  44.74 
 
 		 276 aa  206  4e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  46.07 
 
 		 282 aa  205  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  43.26 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  43.26 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  43.26 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  43.21 
 
 		 291 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  43.51 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  41.79 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  46.69 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  42.31 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  41.61 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  49.01 
 
 		 360 aa  171  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  39.26 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 262 aa  139  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  34.57 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  36.98 
 
 		 255 aa  135  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 257 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  33.94 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 261 aa  133  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  35.09 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  37.18 
 
 		 273 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 262 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.17 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  34.7 
 
 		 261 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  35.9 
 
 		 274 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 261 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  37.41 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 261 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  34.85 
 
 		 270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  32.84 
 
 		 259 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  34.07 
 
 		 261 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 261 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  32.27 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 245 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  34.09 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  36.09 
 
 		 252 aa  125  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 259 aa  125  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 261 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 270 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  34.67 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  37.27 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 272 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 255 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  32.35 
 
 		 261 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 		 264 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 264 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 271 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  35.21 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 271 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  32.21 
 
 		 252 aa  122  6e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  32.97 
 
 		 261 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>