More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1129 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 294 aa  607  1e-173  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  55.38 
 
 		 255 aa  263  4e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  51.82 
 
 		 271 aa  245  6e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12020  pseudouridylate synthase I  54.51 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 257 aa  176  6e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.45 
 
 		 262 aa  172  5.999999999999999e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 294 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 261 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  43.31 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 279 aa  170  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 274 aa  168  8e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  40.62 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 261 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  40.44 
 
 		 282 aa  166  5e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  40 
 
 		 287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 271 aa  162  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 264 aa  158  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 264 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 259 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 262 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 276 aa  156  4e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  40.15 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 285 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 268 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 274 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 283 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 275 aa  152  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 273 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.45 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 262 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.39 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.82 
 
 		 245 aa  150  4e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 267 aa  149  5e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 297 aa  149  6e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 247 aa  149  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 270 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 252 aa  149  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.31 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 273 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.98 
 
 		 245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  39.54 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.3 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 287 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 247 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>