More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2616 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 296 aa  583  1e-166  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  76.38 
 
 		 279 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  73.43 
 
 		 288 aa  375  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  64.86 
 
 		 294 aa  340  2e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  65.43 
 
 		 274 aa  328  7e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  63.74 
 
 		 284 aa  320  9.999999999999999e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  63.18 
 
 		 286 aa  317  1e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  65.43 
 
 		 275 aa  307  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  60.59 
 
 		 268 aa  305  8.000000000000001e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  58.42 
 
 		 300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  59.07 
 
 		 287 aa  299  3e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  56.99 
 
 		 293 aa  298  6e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  60.66 
 
 		 273 aa  296  2e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  60.87 
 
 		 282 aa  292  6e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 297 aa  291  7e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  60.21 
 
 		 306 aa  290  3e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  59.3 
 
 		 346 aa  288  6e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  60.9 
 
 		 314 aa  284  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  57.86 
 
 		 300 aa  281  8.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  61.19 
 
 		 276 aa  279  3e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  61.9 
 
 		 276 aa  275  8e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  53.96 
 
 		 297 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  55.71 
 
 		 299 aa  272  6e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  55.83 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  55.36 
 
 		 299 aa  270  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  55.36 
 
 		 299 aa  270  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  52.69 
 
 		 280 aa  269  4e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  55.23 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  70.68 
 
 		 360 aa  263  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  65.67 
 
 		 252 aa  263  2e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  52.55 
 
 		 291 aa  261  6.999999999999999e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  53.65 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  57.65 
 
 		 305 aa  255  5e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  52.58 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  54.84 
 
 		 299 aa  245  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  45.54 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  50.36 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 305 aa  207  1e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 		 294 aa  176  6e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  42.47 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.98 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  41.96 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 255 aa  158  8e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 287 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  40.58 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  41.83 
 
 		 271 aa  157  3e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.81 
 
 		 258 aa  156  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.2 
 
 		 260 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  42.37 
 
 		 260 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.08 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 257 aa  151  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 286 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  38.97 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 285 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 273 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 259 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 278 aa  149  7e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.53 
 
 		 285 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 252 aa  148  9e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 271 aa  148  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 271 aa  148  9e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  33.85 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.81 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.42 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  44.22 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>