More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_23260 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 346 aa  675    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  59.74 
 
 		 293 aa  315  5e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  59.58 
 
 		 286 aa  293  2e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  57.77 
 
 		 306 aa  292  7e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  57.54 
 
 		 287 aa  291  1e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  59.12 
 
 		 296 aa  285  7e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  55.41 
 
 		 279 aa  285  9e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  55.75 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.45 
 
 		 294 aa  280  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  54.48 
 
 		 310 aa  274  2.0000000000000002e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  55.4 
 
 		 288 aa  268  8.999999999999999e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  55.99 
 
 		 268 aa  265  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  56.25 
 
 		 274 aa  258  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  52.98 
 
 		 282 aa  257  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  53.14 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  51.89 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  54.01 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 280 aa  247  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  48.71 
 
 		 300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.05 
 
 		 275 aa  246  6e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  52.25 
 
 		 284 aa  244  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  52.63 
 
 		 314 aa  240  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  46.25 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  53.12 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  52.38 
 
 		 299 aa  238  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  51.52 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  49.65 
 
 		 291 aa  236  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  50.88 
 
 		 273 aa  235  7e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  48.63 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.74 
 
 		 305 aa  229  7e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  45.1 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  49.83 
 
 		 276 aa  223  4e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  50 
 
 		 276 aa  220  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  57.96 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  50.69 
 
 		 299 aa  212  9e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  52.97 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  42.07 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  41.28 
 
 		 271 aa  169  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.73 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.73 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.29 
 
 		 270 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  40.14 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  40.14 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  40.14 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  40.14 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  40.14 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  42.34 
 
 		 271 aa  166  8e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  39.63 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 270 aa  162  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 274 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.02 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 270 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 270 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  162  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.63 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 270 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 273 aa  160  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 263 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.51 
 
 		 284 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 265 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  39.34 
 
 		 259 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 274 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.81 
 
 		 267 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 261 aa  156  6e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 261 aa  156  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 245 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.73 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.87 
 
 		 264 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  39.93 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 271 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 271 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.97 
 
 		 244 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 261 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 261 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 262 aa  153  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  39.57 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  40.74 
 
 		 264 aa  153  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 294 aa  153  5e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.81 
 
 		 278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>