More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1218 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 
245 aa  506  1e-143  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  96.73 
 
 
245 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  67.35 
 
 
244 aa  356  1.9999999999999998e-97  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  61.79 
 
 
246 aa  323  2e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1859  tRNA pseudouridine synthase ACD  62.04 
 
 
245 aa  322  3e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.411434  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
245 aa  207  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
252 aa  207  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
252 aa  204  9e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
252 aa  203  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 
247 aa  203  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
252 aa  202  3e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
252 aa  201  6e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
247 aa  201  6e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
247 aa  201  6e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
247 aa  201  6e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 
247 aa  201  6e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
247 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
248 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 
258 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 
248 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 
248 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  39.5 
 
 
252 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  41.42 
 
 
271 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  41.42 
 
 
271 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 
244 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
244 aa  176  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.8 
 
 
249 aa  176  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
262 aa  175  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
262 aa  175  5e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
262 aa  175  7e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
259 aa  174  8e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 
258 aa  174  9e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
247 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 
264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 
259 aa  172  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
244 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.11 
 
 
270 aa  171  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
264 aa  170  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 
247 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
264 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  169  5e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.56 
 
 
278 aa  169  5e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 
262 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.31 
 
 
270 aa  168  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
276 aa  167  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 
256 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 
255 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
261 aa  166  2e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
270 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 
245 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
261 aa  166  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 
247 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
270 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 
250 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 
261 aa  166  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
261 aa  165  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  38.49 
 
 
289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
244 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
261 aa  164  9e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 
261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 
268 aa  164  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 
274 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 
266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
247 aa  162  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 
255 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.27 
 
 
270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 
264 aa  162  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 
285 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
270 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 
270 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 
261 aa  162  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>