More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3997 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 270 aa  547  1e-155  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  87.78 
 
 		 270 aa  489  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  57.43 
 
 		 278 aa  263  2e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  49.19 
 
 		 272 aa  235  6e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 244 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 244 aa  186  5e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 259 aa  176  5e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 248 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 248 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 260 aa  169  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 274 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 261 aa  169  6e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 264 aa  167  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.31 
 
 		 245 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  42.02 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 245 aa  166  5e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 262 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 245 aa  165  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 274 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  41.09 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.9 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  39.16 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 263 aa  162  6e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 245 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 262 aa  162  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 245 aa  161  9e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 245 aa  161  9e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  39.23 
 
 		 259 aa  161  9e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 244 aa  160  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 253 aa  160  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 248 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 		 271 aa  159  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.55 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 266 aa  159  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 252 aa  159  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  40.98 
 
 		 246 aa  159  6e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.31 
 
 		 244 aa  159  6e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  41.57 
 
 		 253 aa  158  7e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 247 aa  158  8e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 248 aa  157  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  38.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 269 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 247 aa  155  6e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  39.41 
 
 		 271 aa  155  7e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 273 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>