More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1156 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  100 
 
 		 270 aa  544  1e-154  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  87.78 
 
 		 270 aa  489  1e-137  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  56.63 
 
 		 278 aa  260  1e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  48.78 
 
 		 272 aa  232  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 244 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 259 aa  178  7e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 244 aa  175  6e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 265 aa  171  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.11 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  43.49 
 
 		 274 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 247 aa  170  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 245 aa  169  3e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 248 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  44.53 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 261 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 274 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 248 aa  168  7e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.31 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.58 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  42.46 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  39.77 
 
 		 264 aa  165  9e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 262 aa  162  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 245 aa  162  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 245 aa  162  7e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 262 aa  162  7e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 261 aa  162  7e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 245 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 256 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 		 245 aa  159  6e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 253 aa  158  8e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  40.57 
 
 		 246 aa  158  8e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  36.74 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 246 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 273 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.75 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.69 
 
 		 270 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.55 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 		 270 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.54 
 
 		 270 aa  155  7e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 259 aa  155  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  43.2 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.46 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 266 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 271 aa  153  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>