More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0841 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 305 aa  635    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  41.29 
 
 		 244 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 244 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 244 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 244 aa  192  6e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  38.64 
 
 		 244 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  38.64 
 
 		 244 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.47 
 
 		 245 aa  188  9e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.93 
 
 		 249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 245 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 252 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 262 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 258 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 252 aa  178  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 252 aa  176  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 244 aa  176  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 247 aa  175  9e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 252 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 252 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 252 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 247 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 247 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 247 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 247 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 247 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 250 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 247 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 264 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 256 aa  169  8e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.83 
 
 		 246 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.83 
 
 		 246 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 250 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 261 aa  164  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  39.48 
 
 		 257 aa  162  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.82 
 
 		 263 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 271 aa  161  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 259 aa  161  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 245 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.45 
 
 		 272 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  36.88 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.58 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  32.48 
 
 		 259 aa  159  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  159  7e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 251 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  35.29 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 251 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  34.08 
 
 		 262 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 		 262 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.59 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.74 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.44 
 
 		 245 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.26 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 264 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  33.94 
 
 		 270 aa  155  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.44 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 269 aa  155  7e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  34.07 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.42 
 
 		 261 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 264 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  35.42 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  34.35 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 245 aa  153  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 270 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.4 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.58 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  32.59 
 
 		 260 aa  151  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.4 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.96 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>