More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plut_1175 on replicon NC_007512
Organism: Chlorobium luteolum DSM 273



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 253 aa  518  1e-146  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  60.49 
 
 		 243 aa  300  1e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  54.88 
 
 		 258 aa  270  2e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  55.14 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  54.73 
 
 		 243 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  50.42 
 
 		 233 aa  224  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  49.58 
 
 		 237 aa  223  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 244 aa  175  6e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 244 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  161  9e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.57 
 
 		 270 aa  158  6e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.71 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.47 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 261 aa  151  8.999999999999999e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 252 aa  150  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  150  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  150  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 259 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 249 aa  149  6e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 250 aa  148  7e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 248 aa  148  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 302 aa  148  8e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 269 aa  148  9e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 261 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.1 
 
 		 260 aa  146  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 287 aa  144  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  33.76 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 252 aa  143  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 269 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 244 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 264 aa  143  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 293 aa  142  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.65 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 293 aa  142  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 261 aa  142  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 252 aa  142  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.7 
 
 		 259 aa  142  6e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 273 aa  142  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 264 aa  142  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 248 aa  142  7e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>