More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_1380 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 243 aa  508  1e-143  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  58.02 
 
 		 243 aa  291  7e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1086  tRNA pseudouridine synthase A  55.14 
 
 		 258 aa  280  2e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0863956  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  52.26 
 
 		 243 aa  265  2.9999999999999995e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  54.73 
 
 		 253 aa  258  5.0000000000000005e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 237 aa  225  5.0000000000000005e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  47.48 
 
 		 233 aa  218  5e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 259 aa  155  7e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  34.19 
 
 		 284 aa  153  2.9999999999999998e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.11 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 244 aa  151  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.96 
 
 		 289 aa  150  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.02 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.02 
 
 		 246 aa  150  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 259 aa  145  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 245 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 252 aa  142  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 268 aa  142  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 246 aa  141  9e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 252 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 257 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 262 aa  140  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 		 260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.3 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 247 aa  139  3e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 261 aa  139  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 351 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 256 aa  138  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.69 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  34.31 
 
 		 252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  34.31 
 
 		 248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  33.05 
 
 		 268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 247 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 250 aa  135  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 259 aa  135  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.05 
 
 		 244 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  31.45 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.11 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  29.3 
 
 		 264 aa  132  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 245 aa  132  6e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 275 aa  132  6.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 266 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 265 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 271 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  31.8 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 		 250 aa  129  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.58 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  35.8 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 288 aa  129  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  35.27 
 
 		 246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 282 aa  129  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>