More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2502 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 248 aa  514  1.0000000000000001e-145  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 252 aa  280  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  54.13 
 
 		 284 aa  277  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  53.66 
 
 		 248 aa  276  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 252 aa  276  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 250 aa  263  3e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  49.01 
 
 		 253 aa  246  2e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  49.22 
 
 		 261 aa  235  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  47.18 
 
 		 250 aa  230  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 258 aa  224  1e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 269 aa  174  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 259 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 252 aa  165  8e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 245 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 283 aa  159  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 262 aa  158  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 264 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 237 aa  155  6e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  39 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  39 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 291 aa  152  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  33.89 
 
 		 243 aa  152  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 302 aa  152  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 		 267 aa  152  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 290 aa  152  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  34.71 
 
 		 267 aa  152  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 273 aa  152  5e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 251 aa  151  7e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 264 aa  151  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 261 aa  151  8e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 244 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 244 aa  150  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 276 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  38.4 
 
 		 289 aa  149  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  36.84 
 
 		 278 aa  148  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 283 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 265 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 256 aa  145  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 246 aa  145  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 268 aa  144  9e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 285 aa  144  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 243 aa  143  2e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 268 aa  143  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 286 aa  143  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 332 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  35.15 
 
 		 262 aa  142  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 253 aa  142  4e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  34.01 
 
 		 271 aa  142  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>