More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1744 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 252 aa  526  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  59.76 
 
 		 252 aa  307  9e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 248 aa  276  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  53.5 
 
 		 284 aa  265  7e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  54.47 
 
 		 248 aa  263  3e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 258 aa  242  5e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 253 aa  231  9e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  44.92 
 
 		 261 aa  223  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 269 aa  178  9e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  44.21 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 268 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 271 aa  159  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 262 aa  158  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 263 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 259 aa  154  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 244 aa  155  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  39.31 
 
 		 286 aa  153  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 		 259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  37.41 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 256 aa  152  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 244 aa  152  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 283 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 270 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  40.59 
 
 		 262 aa  151  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 252 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  41.27 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.67 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 249 aa  149  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  42.13 
 
 		 289 aa  148  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  37.34 
 
 		 276 aa  146  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  36.29 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.62 
 
 		 249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 269 aa  145  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  41.2 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.55 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 253 aa  143  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 260 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.55 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 254 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 248 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 269 aa  143  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>