More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2275 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 268 aa  563  1.0000000000000001e-159  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.77 
 
 		 247 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 248 aa  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  169  4e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 244 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  39.53 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  39.53 
 
 		 246 aa  165  5.9999999999999996e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.5 
 
 		 289 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  163  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 246 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 244 aa  161  1e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.1 
 
 		 244 aa  160  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.22 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 237 aa  159  6e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 248 aa  158  7e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 251 aa  157  1e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 264 aa  155  6e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 265 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 258 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 247 aa  152  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 250 aa  152  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 264 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 275 aa  149  3e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 247 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 247 aa  148  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 264 aa  145  5e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.57 
 
 		 262 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 254 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  33.84 
 
 		 270 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.48 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.2 
 
 		 245 aa  143  3e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  34.5 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 244 aa  142  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  34.13 
 
 		 259 aa  143  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 262 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 261 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  142  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 261 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 261 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 252 aa  142  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  37.2 
 
 		 248 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 267 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  34.51 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  35.55 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  34.11 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>