More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2111 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 254 aa  531  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  55.69 
 
 		 246 aa  290  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  47.27 
 
 		 278 aa  230  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  44.79 
 
 		 297 aa  226  2e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  48.38 
 
 		 277 aa  219  3e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  46.72 
 
 		 259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 258 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 244 aa  174  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 259 aa  172  5.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 248 aa  168  8e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  43.6 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 275 aa  164  9e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 244 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 278 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 244 aa  162  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 270 aa  162  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 267 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 264 aa  160  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 245 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  41.41 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.41 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 252 aa  158  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 247 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 252 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  41.73 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 273 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 259 aa  156  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 244 aa  156  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 274 aa  156  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 244 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 252 aa  155  4e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 246 aa  156  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 250 aa  155  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.8 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 251 aa  155  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 264 aa  155  4e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 265 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 264 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 293 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 265 aa  152  7e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 255 aa  151  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 282 aa  151  8.999999999999999e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  39.45 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 245 aa  150  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  149  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 278 aa  149  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 272 aa  148  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 269 aa  148  8e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 270 aa  148  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>