More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LEUM_0228 on replicon NC_008531
Organism: Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 255 aa  526  1e-149  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  62.6 
 
 		 252 aa  330  2e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  48.43 
 
 		 256 aa  268  5e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  47.43 
 
 		 264 aa  226  2e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 258 aa  211  1e-53  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  43.2 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  43.2 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 248 aa  202  6e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.08 
 
 		 258 aa  201  8e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 253 aa  198  7.999999999999999e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 252 aa  194  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 247 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 252 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 252 aa  192  6e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  39.22 
 
 		 247 aa  190  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 245 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  41.96 
 
 		 247 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 245 aa  178  7e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 245 aa  178  8e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 260 aa  175  8e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 267 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 267 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 244 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 252 aa  172  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 244 aa  171  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 250 aa  170  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 248 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 261 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 250 aa  165  8e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 270 aa  162  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  161  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  36.72 
 
 		 264 aa  159  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.72 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.34 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 252 aa  158  6e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 296 aa  158  8e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 244 aa  158  8e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 270 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  155  4e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  36.15 
 
 		 246 aa  156  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  155  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.74 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 267 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 270 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 249 aa  155  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.76 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 250 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.65 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 270 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  34.12 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 265 aa  152  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>