More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1901 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 252 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  57.38 
 
 		 256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  56.97 
 
 		 244 aa  280  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  58.2 
 
 		 244 aa  279  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  57.79 
 
 		 244 aa  271  8.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 262 aa  248  5e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  52.24 
 
 		 245 aa  232  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  52.24 
 
 		 245 aa  231  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 		 264 aa  228  6e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 245 aa  228  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  47.33 
 
 		 264 aa  210  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 262 aa  203  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 259 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 246 aa  202  4e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 247 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  45.87 
 
 		 261 aa  201  7e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  42.15 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  42.15 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 248 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 248 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 274 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 267 aa  193  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 		 285 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 		 270 aa  192  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  41.91 
 
 		 264 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 		 264 aa  191  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 285 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  41.91 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  45.56 
 
 		 288 aa  189  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 274 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 302 aa  189  4e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 274 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.98 
 
 		 266 aa  189  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  42.32 
 
 		 270 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 284 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 		 269 aa  188  5.999999999999999e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 271 aa  188  8e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 286 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 264 aa  188  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 274 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 245 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 264 aa  186  2e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 259 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 332 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  43.15 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 287 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  41.98 
 
 		 284 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 262 aa  185  5e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 351 aa  185  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  43.62 
 
 		 302 aa  185  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 252 aa  185  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  41.56 
 
 		 274 aa  184  9e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 274 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 262 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 		 270 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  42.62 
 
 		 261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 245 aa  183  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 246 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 271 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 271 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 245 aa  181  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.74 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>