More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0911 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 250 aa  521  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  92.31 
 
 		 247 aa  477  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  66.12 
 
 		 244 aa  339  2e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  61.79 
 
 		 256 aa  311  9e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  57.96 
 
 		 244 aa  278  5e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 		 252 aa  276  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 262 aa  275  6e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 244 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 245 aa  229  4e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 244 aa  228  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 244 aa  227  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 245 aa  221  7e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 245 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  46.12 
 
 		 264 aa  219  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  46.53 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  46.53 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 259 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  44.86 
 
 		 264 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 		 247 aa  214  8e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 248 aa  196  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 250 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 250 aa  192  3e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  42.57 
 
 		 248 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 262 aa  187  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 267 aa  185  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 266 aa  185  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 264 aa  185  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  41.94 
 
 		 265 aa  185  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 261 aa  185  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 		 258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 248 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 247 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 285 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 264 aa  182  7e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 274 aa  181  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 248 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.6 
 
 		 271 aa  181  9.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 252 aa  181  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  41.7 
 
 		 249 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 252 aa  180  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 271 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 264 aa  179  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 246 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 270 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 245 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 245 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 285 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 247 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 261 aa  178  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 245 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  38.16 
 
 		 260 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 262 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  41.32 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 245 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 274 aa  175  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 252 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 262 aa  175  5e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 293 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 293 aa  175  6e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>