More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2299 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 249 aa  521  1e-147  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 		 244 aa  242  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 		 259 aa  231  7.000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 		 246 aa  228  9e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 244 aa  224  7e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 245 aa  223  2e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 258 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  46.59 
 
 		 247 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  204  9e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  203  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 		 250 aa  202  5e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  43.85 
 
 		 256 aa  201  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  45.12 
 
 		 271 aa  201  9e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 248 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 244 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  41.87 
 
 		 271 aa  195  5.000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 264 aa  195  7e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  42.19 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 263 aa  192  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 247 aa  191  7e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 244 aa  191  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 252 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 247 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 261 aa  188  5.999999999999999e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 261 aa  188  5.999999999999999e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 259 aa  188  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 247 aa  188  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  41.74 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 286 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  41.74 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 271 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  39.34 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  186  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 262 aa  185  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 270 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 261 aa  184  8e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 261 aa  184  8e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 261 aa  184  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 261 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.7 
 
 		 259 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 332 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 285 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 261 aa  183  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 261 aa  182  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 261 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 261 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 260 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 250 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  42 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 261 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 287 aa  180  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.5 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 258 aa  179  4.999999999999999e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 		 245 aa  179  4.999999999999999e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 		 245 aa  178  7e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 261 aa  178  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.6 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 252 aa  177  1e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>