More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0321 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
264 aa  545  1e-154  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 
256 aa  272  3e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  49.2 
 
 
252 aa  239  2e-62  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  51 
 
 
258 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  47.79 
 
 
258 aa  234  9e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  48.18 
 
 
248 aa  234  9e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 
248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 
252 aa  228  9e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  47.43 
 
 
255 aa  226  3e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 
247 aa  223  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
252 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
252 aa  223  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
247 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
247 aa  223  3e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
247 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
252 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 
247 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 
247 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  49.59 
 
 
252 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  45.82 
 
 
253 aa  214  9e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 
246 aa  206  5e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 
250 aa  202  5e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 
262 aa  200  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  43.44 
 
 
244 aa  199  3e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 
245 aa  198  9e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 
244 aa  193  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 
247 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 
267 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  42.8 
 
 
267 aa  191  1e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
250 aa  189  5e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
259 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  44.8 
 
 
246 aa  187  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  44.8 
 
 
246 aa  187  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 
252 aa  186  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 
253 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 
244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 
244 aa  182  7e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 
244 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
250 aa  182  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 
271 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
247 aa  180  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 
257 aa  178  7e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.47 
 
 
264 aa  177  2e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 
252 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0012  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
246 aa  175  6e-43  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.732766  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  37.7 
 
 
249 aa  175  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 
256 aa  175  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
271 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 
244 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 
293 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  38.98 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
245 aa  171  7.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
245 aa  171  9e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 
261 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.84 
 
 
244 aa  170  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 
245 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 
245 aa  169  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 
245 aa  169  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.84 
 
 
245 aa  169  6e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
259 aa  168  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 
270 aa  168  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
271 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 
271 aa  168  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 
260 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
245 aa  166  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 
245 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
244 aa  164  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.02 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 
276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 
249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
264 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 
306 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 
261 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 
261 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 
252 aa  160  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 
261 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.21 
 
 
246 aa  159  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 
261 aa  159  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  39.3 
 
 
261 aa  159  4e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 
244 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
270 aa  159  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
270 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
270 aa  159  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
270 aa  158  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.59 
 
 
278 aa  158  8e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 
283 aa  158  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
261 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.89 
 
 
270 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>