More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0879 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 248 aa  512  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  49.6 
 
 		 248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 		 245 aa  212  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 245 aa  211  7e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 		 245 aa  211  9e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 245 aa  208  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 245 aa  208  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 244 aa  199  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  44.76 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  44.76 
 
 		 244 aa  195  6e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  44.72 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  44.72 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 		 264 aa  188  5.999999999999999e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 		 244 aa  188  7e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 271 aa  188  8e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 		 247 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 		 250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 246 aa  182  6e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 250 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 250 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 247 aa  179  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 252 aa  176  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  40.89 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 256 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 		 258 aa  159  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.49 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2275  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 268 aa  158  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0551657  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 302 aa  158  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.21 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.89 
 
 		 249 aa  155  8e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 262 aa  154  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 255 aa  152  7e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 264 aa  150  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 274 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.61 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.51 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 249 aa  150  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 286 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 332 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 246 aa  149  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 274 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 247 aa  148  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 247 aa  148  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 247 aa  148  6e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 247 aa  148  6e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 271 aa  149  6e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 262 aa  148  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 253 aa  148  7e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 263 aa  148  7e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 262 aa  148  8e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 247 aa  148  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 248 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 264 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 274 aa  146  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 245 aa  146  3e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>