More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4238 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 250 aa  502  1e-141  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  89.47 
 
 		 254 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  74.31 
 
 		 253 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  73.31 
 
 		 252 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  70.68 
 
 		 250 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  70.8 
 
 		 250 aa  356  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  65.71 
 
 		 245 aa  314  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  61.85 
 
 		 260 aa  304  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  57.43 
 
 		 249 aa  291  7e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  54.25 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 248 aa  278  8e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 247 aa  275  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  55.1 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7335  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 245 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.326558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  57.72 
 
 		 278 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  55.42 
 
 		 249 aa  269  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  55.2 
 
 		 251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  54.8 
 
 		 251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  264  8e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 255 aa  264  8.999999999999999e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  57.96 
 
 		 245 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 245 aa  261  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  58.37 
 
 		 245 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0059  tRNA pseudouridine synthase A  53.57 
 
 		 268 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.933928  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0076  tRNA pseudouridine synthase A  53.17 
 
 		 272 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.426936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0807  tRNA pseudouridine synthase A  56.33 
 
 		 245 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  53.44 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  53.39 
 
 		 259 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  52.8 
 
 		 255 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 255 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  49.19 
 
 		 246 aa  237  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0348  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 258 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0489458  normal  0.0429336 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0411  tRNA pseudouridine synthase A  52.17 
 
 		 255 aa  228  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.451787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  52.4 
 
 		 257 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  45.08 
 
 		 245 aa  224  8e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 243 aa  224  9e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  46.83 
 
 		 259 aa  223  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  43.5 
 
 		 245 aa  218  6e-56  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  47.24 
 
 		 271 aa  215  5e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 245 aa  214  8e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0534  tRNA pseudouridine synthase A  51.37 
 
 		 261 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4041  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31208  normal  0.408277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  46.54 
 
 		 270 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  51.36 
 
 		 259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1938  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 		 257 aa  211  7.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.615148  hitchhiker  0.0000799616 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  45.02 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 		 254 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  51.23 
 
 		 266 aa  204  7e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 		 271 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 264 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  50.2 
 
 		 261 aa  199  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 264 aa  198  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 261 aa  198  7e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  45.85 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  43.82 
 
 		 261 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 259 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  41.31 
 
 		 262 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 261 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 261 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 262 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  45.2 
 
 		 263 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  47.15 
 
 		 262 aa  195  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  44.31 
 
 		 274 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  44.26 
 
 		 283 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 		 270 aa  193  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  48.03 
 
 		 265 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 270 aa  192  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  45.49 
 
 		 276 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  44.18 
 
 		 264 aa  192  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 261 aa  192  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  47.01 
 
 		 259 aa  192  6e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  43.03 
 
 		 261 aa  191  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  191  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  43.55 
 
 		 270 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  46.64 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  42.63 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  43.55 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  44.08 
 
 		 351 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  43.43 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 264 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 261 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.58 
 
 		 244 aa  185  5e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>