More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tery_2986 on replicon NC_008312
Organism: Trichodesmium erythraeum IMS101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 272 aa  568  1e-161  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  68.56 
 
 		 306 aa  392  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  66.79 
 
 		 282 aa  387  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  67.3 
 
 		 293 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  67.3 
 
 		 293 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  67.42 
 
 		 282 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 275 aa  381  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  62.26 
 
 		 294 aa  353  2e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  50.37 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  50.75 
 
 		 293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 276 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 		 276 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  50.74 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  47.39 
 
 		 289 aa  258  8e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  43.94 
 
 		 268 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 		 268 aa  240  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  42.42 
 
 		 268 aa  238  8e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  42.42 
 
 		 268 aa  226  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 244 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 		 261 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 247 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 266 aa  165  9e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  34.65 
 
 		 270 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 246 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.13 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.34 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 263 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 262 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 259 aa  159  5e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 276 aa  157  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 264 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 261 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.6 
 
 		 249 aa  154  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 256 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.92 
 
 		 289 aa  152  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 247 aa  152  5e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 252 aa  152  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.37 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 260 aa  152  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 245 aa  152  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 275 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 283 aa  152  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 267 aa  151  1e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  32.14 
 
 		 273 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 274 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 274 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 254 aa  148  8e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 262 aa  147  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 269 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>