More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9515_17151 on replicon NC_008817
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9515



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 268 aa  557  1e-158  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  74.25 
 
 		 268 aa  431  1e-120  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  73.88 
 
 		 268 aa  430  1e-119  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  71.64 
 
 		 268 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  50.94 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  51.7 
 
 		 293 aa  301  7.000000000000001e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  52.85 
 
 		 276 aa  292  3e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  52.09 
 
 		 276 aa  291  7e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  53.79 
 
 		 289 aa  288  7e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  52.08 
 
 		 300 aa  286  2e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  43.94 
 
 		 272 aa  244  9.999999999999999e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  45.63 
 
 		 282 aa  239  5e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  44.44 
 
 		 293 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  44.66 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  43.18 
 
 		 294 aa  228  6e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  43.2 
 
 		 275 aa  223  2e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  42.21 
 
 		 282 aa  221  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 		 244 aa  189  5.999999999999999e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 263 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  39.31 
 
 		 261 aa  178  8e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 259 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 246 aa  177  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 252 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  34.13 
 
 		 256 aa  171  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.7 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 244 aa  170  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 245 aa  169  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 259 aa  169  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  169  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 261 aa  169  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 261 aa  169  6e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 261 aa  169  6e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 244 aa  169  6e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 248 aa  168  9e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 248 aa  168  9e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.43 
 
 		 245 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  39.34 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 262 aa  166  5e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 264 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.79 
 
 		 261 aa  165  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  165  8e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.26 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.24 
 
 		 245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  36.32 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  36.09 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 351 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 267 aa  162  5.0000000000000005e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 262 aa  161  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  160  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 247 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 250 aa  159  4e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 250 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 270 aa  158  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 261 aa  158  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.03 
 
 		 249 aa  156  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4747  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0498  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 260 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.276937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2893  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  35.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 261 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 273 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  34.83 
 
 		 332 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  34.48 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  35.92 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>