More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_1980 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 300 aa  616  1e-175  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  81.07 
 
 		 293 aa  477  1e-133  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  72.86 
 
 		 295 aa  442  1e-123  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  60.76 
 
 		 289 aa  378  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  60.89 
 
 		 276 aa  350  1e-95  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  61.25 
 
 		 276 aa  350  2e-95  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  52.08 
 
 		 268 aa  300  2e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 		 268 aa  285  5e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  48.29 
 
 		 268 aa  285  7e-76  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  49.65 
 
 		 294 aa  279  3e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  50.74 
 
 		 272 aa  278  8e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  48.3 
 
 		 268 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  52.29 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  52.29 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 		 282 aa  265  5e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  51.15 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  49.04 
 
 		 275 aa  253  3e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  49.1 
 
 		 282 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 244 aa  168  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 265 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 263 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 		 266 aa  159  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  38.1 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  156  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 261 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  38.28 
 
 		 273 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.99 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.32 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.32 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 256 aa  150  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 264 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 248 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 259 aa  149  8e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.15 
 
 		 259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.55 
 
 		 246 aa  146  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 261 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 261 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 		 244 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  34.81 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 271 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 259 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  40.19 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 264 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 250 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 267 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  38.85 
 
 		 259 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  34.81 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 351 aa  143  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.3 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 264 aa  140  3e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 244 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.63 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>