More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_1626 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 268 aa  556  1e-157  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  87.69 
 
 		 268 aa  502  1e-141  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  85.82 
 
 		 268 aa  475  1e-133  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  73.88 
 
 		 268 aa  430  1e-119  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  51.32 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  52.26 
 
 		 276 aa  291  9e-78  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  51.88 
 
 		 276 aa  288  8e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  49.05 
 
 		 295 aa  284  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  51.15 
 
 		 289 aa  274  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  49.81 
 
 		 300 aa  272  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  43.56 
 
 		 272 aa  240  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  45.04 
 
 		 306 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  45.25 
 
 		 293 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  45.25 
 
 		 293 aa  237  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 294 aa  236  2e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 		 275 aa  228  9e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  41.95 
 
 		 282 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 244 aa  199  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 246 aa  189  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 252 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 244 aa  178  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 264 aa  176  5e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  37.31 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 259 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 261 aa  174  9e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 351 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 248 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.6 
 
 		 259 aa  171  7.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 263 aa  170  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 265 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.29 
 
 		 249 aa  169  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 261 aa  168  9e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  168  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  38.84 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  35.08 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 261 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 244 aa  165  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35.97 
 
 		 247 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 261 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.64 
 
 		 262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.64 
 
 		 262 aa  162  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 261 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 261 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 247 aa  161  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 261 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 		 246 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  36.18 
 
 		 246 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  35.18 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 275 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.15 
 
 		 245 aa  159  4e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  32.54 
 
 		 262 aa  159  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 267 aa  158  8e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 264 aa  158  9e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  32.57 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 273 aa  157  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  34.87 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 		 247 aa  156  3e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.1 
 
 		 269 aa  156  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.44 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 244 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  34.73 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>