More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9303_23281 on replicon NC_008820
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9303



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 295 aa  610  9.999999999999999e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  73.06 
 
 		 293 aa  424  1e-117  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  73.06 
 
 		 300 aa  409  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  63.38 
 
 		 289 aa  383  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  61.57 
 
 		 276 aa  362  4e-99  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 276 aa  360  1e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  50.94 
 
 		 268 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  52.77 
 
 		 282 aa  285  7e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  49.05 
 
 		 268 aa  284  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  46.77 
 
 		 268 aa  283  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  52.54 
 
 		 294 aa  281  1e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  50.37 
 
 		 272 aa  279  5e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  52.67 
 
 		 293 aa  278  9e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  52.67 
 
 		 293 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  46.79 
 
 		 268 aa  270  1e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  51.53 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  50.73 
 
 		 275 aa  268  8e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 		 263 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 		 261 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 244 aa  176  4e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 244 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.82 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 264 aa  165  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 262 aa  162  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  162  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 		 261 aa  162  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 245 aa  161  1e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 264 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 		 264 aa  159  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 		 266 aa  159  6e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 273 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.74 
 
 		 259 aa  157  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.35 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 270 aa  156  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 270 aa  155  7e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 247 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 262 aa  155  8e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.14 
 
 		 262 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 248 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  32.93 
 
 		 244 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 269 aa  151  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 270 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  39.81 
 
 		 275 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.92 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  38.21 
 
 		 259 aa  149  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 276 aa  149  8e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.06 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.06 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  37.35 
 
 		 249 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  33.07 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 274 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 283 aa  145  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 262 aa  145  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 332 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  40.1 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  42.11 
 
 		 287 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  29.6 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>