More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_1104 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007335  PMN2A_1104  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 276 aa  576  1.0000000000000001e-163  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.723318  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  97.1 
 
 		 276 aa  557  1e-158  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23281  tRNA pseudouridine synthase A  61.94 
 
 		 295 aa  360  1e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16531  tRNA pseudouridine synthase A  61.62 
 
 		 289 aa  360  2e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0673067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0351  tRNA pseudouridine synthase A  64.02 
 
 		 293 aa  357  9.999999999999999e-98  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.89141 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1980  tRNA pseudouridine synthase A  62.03 
 
 		 300 aa  332  4e-90  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0478647  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  52.85 
 
 		 268 aa  292  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17411  tRNA pseudouridine synthase A  51.13 
 
 		 268 aa  292  5e-78  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  52.26 
 
 		 268 aa  291  1e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17251  tRNA pseudouridine synthase A  50.38 
 
 		 268 aa  275  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  50.19 
 
 		 294 aa  267  1e-70  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  52.67 
 
 		 293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  52.67 
 
 		 293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  49.62 
 
 		 272 aa  263  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  50.37 
 
 		 282 aa  262  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  50.57 
 
 		 282 aa  262  4.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  49.45 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  49.04 
 
 		 275 aa  246  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.68 
 
 		 244 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  40.33 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  166  5e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 262 aa  165  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 		 248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 262 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 264 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 264 aa  159  6e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 244 aa  158  8e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  35.89 
 
 		 246 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  35.89 
 
 		 246 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 244 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  35.2 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.08 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 251 aa  156  3e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 302 aa  156  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 259 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 244 aa  155  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 285 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 274 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 273 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 244 aa  152  8e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 264 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 351 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.85 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1234  tRNA pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.512181  normal  0.233712 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.44 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 284 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.71 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.71 
 
 		 271 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 259 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 288 aa  149  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 252 aa  149  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 249 aa  149  7e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 244 aa  148  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 261 aa  148  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 244 aa  148  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 285 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.89 
 
 		 245 aa  148  9e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  34.2 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.48 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 		 270 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 256 aa  146  3e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>