More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2487 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
252 aa  509  1e-143  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  45.93 
 
 
270 aa  196  2.0000000000000003e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 
248 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 
244 aa  192  5e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  43.25 
 
 
252 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 
284 aa  188  9e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  44.21 
 
 
252 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 
245 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  42.15 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  44 
 
 
264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  43.9 
 
 
245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
259 aa  181  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  43.09 
 
 
245 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
252 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  41.46 
 
 
244 aa  174  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  38.27 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 
248 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  38.27 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
253 aa  173  2.9999999999999996e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 
261 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 
252 aa  171  9e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
244 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 
261 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 
273 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 
250 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 
252 aa  170  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 
244 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 
258 aa  170  2e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
252 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  43.6 
 
 
278 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 
244 aa  170  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 
267 aa  169  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  36.55 
 
 
267 aa  169  3e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 
245 aa  169  4e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  40.71 
 
 
246 aa  169  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 
260 aa  168  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 
245 aa  168  8e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
247 aa  168  8e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 
270 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 
247 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 
270 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 
270 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 
270 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 
283 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  43.3 
 
 
270 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 
264 aa  167  1e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
247 aa  166  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 
245 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 
247 aa  166  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 
255 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
247 aa  167  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 
256 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
246 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  45.1 
 
 
288 aa  166  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
252 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 
245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  42.37 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 
270 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
248 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 
270 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
270 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  42.52 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  42.52 
 
 
270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  42.53 
 
 
270 aa  164  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 
253 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  40.24 
 
 
249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  42.05 
 
 
270 aa  163  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 
245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 
244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 
259 aa  163  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  42.72 
 
 
233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  41.37 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 
293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 
293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 
245 aa  162  6e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 
261 aa  162  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 
261 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  41.9 
 
 
261 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  42.29 
 
 
261 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 
250 aa  160  1e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  40.61 
 
 
262 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>