More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_13523 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 258 aa  538  9.999999999999999e-153  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  54.77 
 
 		 284 aa  275  4e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 		 250 aa  266  2.9999999999999995e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  50.41 
 
 		 252 aa  242  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  47.66 
 
 		 261 aa  233  3e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  45.87 
 
 		 248 aa  228  6e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 248 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 252 aa  205  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  44.4 
 
 		 253 aa  201  8e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  40.57 
 
 		 249 aa  170  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  38.59 
 
 		 270 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 269 aa  168  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 262 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  166  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 261 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 		 270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  39.09 
 
 		 252 aa  163  3e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 264 aa  162  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  162  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 253 aa  159  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 261 aa  158  7e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1568  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 280 aa  158  7e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.952303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 244 aa  158  7e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 		 273 aa  158  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 271 aa  158  9e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  38.66 
 
 		 244 aa  158  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1408  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.68 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 260 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 276 aa  156  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.24 
 
 		 244 aa  155  4e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.5 
 
 		 248 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.33 
 
 		 258 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1318  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620089  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 263 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.02 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.03 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 264 aa  152  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 259 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 261 aa  152  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  35.22 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 259 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 274 aa  145  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 271 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 271 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 269 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.58 
 
 		 244 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 249 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 269 aa  145  8.000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0248  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 246 aa  144  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 249 aa  144  9e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  34.31 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  35.32 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  36.8 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>