More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3657 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 269 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 		 284 aa  183  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  40.98 
 
 		 252 aa  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  38.62 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 261 aa  172  5e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 252 aa  168  7e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 258 aa  168  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 		 250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  36.48 
 
 		 250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 264 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  35.16 
 
 		 259 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1355  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0794079  normal  0.0223344 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  126  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  125  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.29 
 
 		 261 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  31.54 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 		 255 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3462  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1123  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0266785  normal  0.378732 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 		 270 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.09 
 
 		 270 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 267 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  34.25 
 
 		 264 aa  122  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.34 
 
 		 285 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 252 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  34.3 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  34.54 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1420  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  31.09 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.85 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  32.69 
 
 		 270 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 		 248 aa  119  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 244 aa  118  7.999999999999999e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 		 278 aa  119  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0361  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1064  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000223537  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  32.8 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19791  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.35 
 
 		 285 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  30.49 
 
 		 248 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1529  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2159  tRNA pseudouridine synthase A  31.76 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0844535 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.14 
 
 		 263 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0502  tRNA pseudouridine synthase A  31.91 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  0.200286 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 286 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  32.35 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 		 264 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2384  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 259 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  34.12 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  33.71 
 
 		 261 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 253 aa  115  7.999999999999999e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 283 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  30.89 
 
 		 249 aa  115  8.999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 		 273 aa  114  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.13 
 
 		 261 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  31.47 
 
 		 268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1712  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  34.24 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  31.1 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  34.52 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  31.1 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  30.85 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  31.28 
 
 		 244 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  32.95 
 
 		 284 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>