More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0483 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 248 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  53.66 
 
 		 248 aa  276  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0785  tRNA pseudouridine synthase A  53.82 
 
 		 252 aa  276  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  54.47 
 
 		 252 aa  263  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  49.79 
 
 		 284 aa  258  8e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  47.35 
 
 		 250 aa  251  8.000000000000001e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  48.81 
 
 		 253 aa  240  2e-62  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13523  putative tRNA pseudouridine synthase A  45.87 
 
 		 258 aa  228  6e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1421  tRNA pseudouridine synthase A  40.66 
 
 		 250 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.126301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0668  tRNA pseudouridine synthase A  43.75 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.252999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3657  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.91 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  40.41 
 
 		 259 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  38.78 
 
 		 249 aa  168  9e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 283 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 270 aa  165  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 271 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 273 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  35.54 
 
 		 245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  36.99 
 
 		 276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 270 aa  160  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2585  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 275 aa  160  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3352  pseudouridylate synthase  36.69 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 261 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 263 aa  159  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.76 
 
 		 270 aa  159  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.66 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 283 aa  159  6e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 285 aa  158  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 261 aa  158  7e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 259 aa  158  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 262 aa  158  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 262 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 264 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.65 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  33.67 
 
 		 297 aa  155  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.6 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 249 aa  155  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.69 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 261 aa  155  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  35.8 
 
 		 265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 261 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  34.41 
 
 		 260 aa  151  8e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 267 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.5 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  35.89 
 
 		 248 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35.12 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.5 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  32.71 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 		 274 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 		 270 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>