More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_29400 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 287 aa  565  1e-160  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  62.5 
 
 		 293 aa  342  4e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  60.64 
 
 		 310 aa  333  2e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  61.35 
 
 		 286 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  58.39 
 
 		 306 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  60.3 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  57.54 
 
 		 346 aa  289  3e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 294 aa  281  9e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  57.41 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 279 aa  277  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  55.43 
 
 		 297 aa  278  1e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  50.87 
 
 		 297 aa  265  8e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  53.74 
 
 		 268 aa  264  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  58.65 
 
 		 297 aa  262  4e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 280 aa  259  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  51.96 
 
 		 284 aa  255  5e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 274 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  53.55 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 282 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  49.66 
 
 		 300 aa  236  4e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  53.76 
 
 		 275 aa  235  5.0000000000000005e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  52.86 
 
 		 276 aa  231  8.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  50.18 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  45.67 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  43.19 
 
 		 303 aa  227  1e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  49.47 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 273 aa  226  2e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 299 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  47.62 
 
 		 297 aa  225  8e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  48.94 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  48.87 
 
 		 291 aa  223  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  56.54 
 
 		 252 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  52.65 
 
 		 276 aa  221  9e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  44.6 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  48.13 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  53.93 
 
 		 360 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 287 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 285 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 271 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.32 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.09 
 
 		 285 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  38.29 
 
 		 274 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 270 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 286 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 262 aa  154  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 262 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  36.3 
 
 		 267 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.95 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.82 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.82 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.74 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  32.71 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  148  9e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  32.58 
 
 		 262 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 		 257 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  37.36 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  33.58 
 
 		 274 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.64 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  34.35 
 
 		 248 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.34 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  36.23 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 273 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  30.92 
 
 		 264 aa  142  7e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 261 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  32.34 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>