More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6020 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 275 aa  529  1e-149  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  86.03 
 
 		 274 aa  452  1.0000000000000001e-126  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  65.37 
 
 		 296 aa  308  6.999999999999999e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  63.1 
 
 		 282 aa  295  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  60.45 
 
 		 279 aa  291  6e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  61.45 
 
 		 314 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  62.45 
 
 		 288 aa  288  9e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  60.78 
 
 		 286 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  59.04 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  58.87 
 
 		 268 aa  279  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  60.46 
 
 		 273 aa  272  5.000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  57.35 
 
 		 300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 297 aa  266  2e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  55.96 
 
 		 284 aa  266  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  56.83 
 
 		 298 aa  266  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  55.87 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  61.54 
 
 		 297 aa  261  8e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  53.36 
 
 		 299 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  53 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  53 
 
 		 299 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  55.05 
 
 		 346 aa  255  7e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 		 293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  50.71 
 
 		 297 aa  252  5.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  55.43 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  53.48 
 
 		 291 aa  245  6e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  53.76 
 
 		 287 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  53.87 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  53.55 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  49.29 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  53.85 
 
 		 276 aa  238  5.999999999999999e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  52.55 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.75 
 
 		 276 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  51.61 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  49.64 
 
 		 310 aa  222  4e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  58.37 
 
 		 252 aa  212  4.9999999999999996e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  59.59 
 
 		 360 aa  207  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  42.86 
 
 		 303 aa  206  3e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  42.33 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  42.13 
 
 		 270 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 351 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.43 
 
 		 261 aa  166  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 264 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 262 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  37.85 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  43.87 
 
 		 271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 260 aa  162  7e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 262 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  42.35 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  39.77 
 
 		 274 aa  159  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  42.23 
 
 		 270 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  40.48 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 263 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 278 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 252 aa  158  8e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 284 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.96 
 
 		 259 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  41.15 
 
 		 332 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  41.6 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  40.64 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  40.56 
 
 		 251 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  41.54 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  40.55 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  38.37 
 
 		 246 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  39.08 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  42.59 
 
 		 264 aa  156  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  38.37 
 
 		 246 aa  156  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  40.77 
 
 		 274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 264 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  38.65 
 
 		 247 aa  155  8e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 264 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 252 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 247 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.38 
 
 		 252 aa  154  2e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 		 247 aa  152  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>