More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_20550 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  59.71 
 
 		 286 aa  293  3e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  59.22 
 
 		 306 aa  291  6e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  55.48 
 
 		 293 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  55.4 
 
 		 346 aa  278  6e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  55.43 
 
 		 287 aa  278  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  55.51 
 
 		 268 aa  271  7e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  57.14 
 
 		 282 aa  266  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  55.47 
 
 		 273 aa  264  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  55.72 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  54.41 
 
 		 291 aa  259  4e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  53.21 
 
 		 288 aa  256  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  52.17 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  53.61 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  54.38 
 
 		 274 aa  248  8e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  51.8 
 
 		 300 aa  247  1e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  52.9 
 
 		 314 aa  247  2e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  52.21 
 
 		 279 aa  246  4e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  54.92 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  51.08 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  51.45 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  51.45 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.96 
 
 		 305 aa  238  5.999999999999999e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  51.25 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  59.23 
 
 		 252 aa  229  3e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  49.64 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  52.55 
 
 		 275 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  49.82 
 
 		 298 aa  222  7e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  46.81 
 
 		 280 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  45.88 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  48.91 
 
 		 276 aa  220  3e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  43.48 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  50.58 
 
 		 276 aa  218  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  42.86 
 
 		 303 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  48.74 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  53.16 
 
 		 360 aa  179  4e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 256 aa  165  8e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  38.75 
 
 		 270 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  152  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.27 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.27 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.27 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.27 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.27 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.83 
 
 		 270 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  38.89 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.51 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.57 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  40.59 
 
 		 265 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.57 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  35.19 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.16 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  36.29 
 
 		 252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  35.07 
 
 		 262 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 294 aa  145  9e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 245 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0540  tRNA pseudouridine synthase A  39.62 
 
 		 259 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.999285  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.69 
 
 		 244 aa  142  5e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 248 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 262 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39.78 
 
 		 259 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 285 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1033  tRNA pseudouridine synthase A  40.46 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0974  tRNA pseudouridine synthase A  40.46 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  44.27 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 274 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2576  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 275 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1346  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 251 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  34.21 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 252 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 249 aa  139  7.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 250 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  38.2 
 
 		 246 aa  138  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  33.72 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  33.94 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>