More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3893 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  100 
 
 		 276 aa  545  1e-154  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  88.77 
 
 		 276 aa  464  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  60.53 
 
 		 300 aa  301  9e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  61.9 
 
 		 296 aa  290  3e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  59.18 
 
 		 273 aa  287  1e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  57.93 
 
 		 288 aa  287  1e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  59.63 
 
 		 274 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  56.93 
 
 		 284 aa  281  6.000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  60.22 
 
 		 314 aa  281  8.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  57.82 
 
 		 279 aa  278  8e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  55.31 
 
 		 294 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  53.85 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  56.93 
 
 		 282 aa  263  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  53.14 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  54.61 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  54.61 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  54.61 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 297 aa  248  9e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  53.18 
 
 		 268 aa  247  1e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  54.85 
 
 		 275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  52.48 
 
 		 286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  49.64 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  50.88 
 
 		 287 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.45 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  50.87 
 
 		 346 aa  229  3e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  49.64 
 
 		 298 aa  225  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  51.07 
 
 		 306 aa  224  9e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  50.9 
 
 		 299 aa  221  7e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  46.26 
 
 		 280 aa  219  5e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  47 
 
 		 293 aa  214  9e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  46.4 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  45.88 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  58.42 
 
 		 360 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  46.18 
 
 		 310 aa  191  9e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  52.81 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  39.87 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  39.39 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 274 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  39.85 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.46 
 
 		 274 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  44.8 
 
 		 257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.41 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 294 aa  145  7.0000000000000006e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  39.45 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.23 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.78 
 
 		 252 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.2 
 
 		 246 aa  139  7e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 256 aa  138  7.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 270 aa  138  8.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.5 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  32.26 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  32.05 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  39 
 
 		 278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.27 
 
 		 252 aa  136  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36.19 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.36 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.98 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  31.92 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  31.66 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 261 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.03 
 
 		 247 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.2 
 
 		 262 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.83 
 
 		 263 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  36.68 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  34.9 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  31.66 
 
 		 252 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.55 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 267 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>