More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0280 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  65.78 
 
 		 303 aa  400  9.999999999999999e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  48.37 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  44.59 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 286 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  45.51 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  45.67 
 
 		 287 aa  227  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  45.1 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  43.48 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  43.04 
 
 		 268 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 279 aa  210  2e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  44.63 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  41.23 
 
 		 297 aa  208  7e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  42.67 
 
 		 280 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  43.37 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  43.29 
 
 		 288 aa  206  5e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  42.71 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  43.61 
 
 		 297 aa  202  8e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  44.25 
 
 		 297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  42.33 
 
 		 282 aa  196  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  41.33 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  43.18 
 
 		 284 aa  185  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 273 aa  183  3e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  39.8 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  39.8 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  39.8 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  40.4 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  40.27 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  39.3 
 
 		 276 aa  154  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  40.93 
 
 		 252 aa  153  4e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 257 aa  152  7e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  37.8 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  30.53 
 
 		 250 aa  128  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  33.9 
 
 		 261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.46 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  32.3 
 
 		 252 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  34.04 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  33.56 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.45 
 
 		 248 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 261 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 261 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  33.22 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 271 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  32.66 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 261 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  31.82 
 
 		 270 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  32.17 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  29.31 
 
 		 264 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  30.34 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0571  tRNA pseudouridine synthase A  34.26 
 
 		 255 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.217469  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  31.03 
 
 		 263 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  34.72 
 
 		 271 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 258 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.21 
 
 		 244 aa  115  6e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  30.27 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  30.98 
 
 		 261 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  33.78 
 
 		 271 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  33.68 
 
 		 274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  28.01 
 
 		 244 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  33.1 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2224  tRNA pseudouridine synthase A  33.91 
 
 		 255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0737509  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  29.18 
 
 		 245 aa  114  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 285 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  28.01 
 
 		 244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 255 aa  112  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  31.42 
 
 		 287 aa  113  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 		 253 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  30.43 
 
 		 261 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  28.42 
 
 		 248 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 272 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  32.74 
 
 		 261 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  30.03 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  34.47 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  29.37 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  30.03 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1332  tRNA pseudouridine synthase A  29.29 
 
 		 269 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  31.14 
 
 		 270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.801238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>