More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0717 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  100 
 
 		 252 aa  476  1e-133  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  68.25 
 
 		 286 aa  302  3.0000000000000004e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  65.55 
 
 		 296 aa  280  1e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  63.49 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  62.7 
 
 		 279 aa  276  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  61.24 
 
 		 293 aa  269  4e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  60.85 
 
 		 306 aa  263  1e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  59.04 
 
 		 297 aa  258  5.0000000000000005e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  59.67 
 
 		 294 aa  251  9.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  60.32 
 
 		 274 aa  245  6e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  55.34 
 
 		 287 aa  241  6e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  57.25 
 
 		 284 aa  241  7.999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  57.83 
 
 		 268 aa  240  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  56.32 
 
 		 346 aa  233  2.0000000000000002e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  56.8 
 
 		 282 aa  232  5e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  59.04 
 
 		 275 aa  229  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  59.5 
 
 		 297 aa  226  3e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 310 aa  225  5.0000000000000005e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  53.41 
 
 		 273 aa  222  4e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  54.66 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  46.9 
 
 		 280 aa  215  7e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  52.85 
 
 		 291 aa  214  8e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  52.33 
 
 		 300 aa  210  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  47.66 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  53.45 
 
 		 300 aa  208  6e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  59.38 
 
 		 360 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  50.98 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  50.98 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  50.98 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  44.4 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  51.93 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  49.8 
 
 		 276 aa  190  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  49.61 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  49.61 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.73 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  41.45 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  49.4 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  39.17 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.17 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.24 
 
 		 270 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  36.28 
 
 		 285 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.83 
 
 		 272 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  33.93 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  39.82 
 
 		 270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.87 
 
 		 274 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 248 aa  109  5e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  37.79 
 
 		 284 aa  108  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 332 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 269 aa  108  7.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  34.6 
 
 		 252 aa  108  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  30.29 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  31.33 
 
 		 244 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28572  predicted protein  32.92 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0301527  hitchhiker  0.000000212396 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 248 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 		 274 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 		 273 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  32.08 
 
 		 256 aa  105  5e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 262 aa  105  6e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  39.73 
 
 		 264 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1969  tRNA pseudouridine synthase A  31.06 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.755925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 261 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  33.75 
 
 		 262 aa  105  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 270 aa  105  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.11 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1931  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  34.15 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 261 aa  103  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  35.56 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  36.32 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  36.95 
 
 		 271 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  34.7 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 294 aa  102  5e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 278 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  30.83 
 
 		 267 aa  102  8e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 260 aa  101  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 256 aa  101  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.67 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  35.87 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>