More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_04290 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  100 
 
 		 300 aa  602  1.0000000000000001e-171  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  59.79 
 
 		 314 aa  291  8e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  57.65 
 
 		 274 aa  283  3.0000000000000004e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  57.6 
 
 		 279 aa  280  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  55.25 
 
 		 298 aa  279  4e-74  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  57.04 
 
 		 297 aa  277  1e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  57.45 
 
 		 273 aa  278  1e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  57.44 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  55.29 
 
 		 291 aa  277  1e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  58.42 
 
 		 294 aa  275  8e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  57.99 
 
 		 296 aa  271  7e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  55.59 
 
 		 282 aa  271  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  55.99 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  55.99 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  55.99 
 
 		 299 aa  271  1e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  52.94 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  56.16 
 
 		 297 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  53.27 
 
 		 299 aa  255  8e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  54.64 
 
 		 276 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  55.28 
 
 		 286 aa  252  4.0000000000000004e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.87 
 
 		 275 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  55.47 
 
 		 276 aa  249  4e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  53.14 
 
 		 346 aa  249  4e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  51.8 
 
 		 297 aa  247  1e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.98 
 
 		 305 aa  247  1e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  54.17 
 
 		 284 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  52.07 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  54.86 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  52.25 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  49.66 
 
 		 287 aa  236  4e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  47.95 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  47.87 
 
 		 280 aa  218  8.999999999999998e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  43.37 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  60.31 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  48.29 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  42.9 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  52.48 
 
 		 252 aa  185  7e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  38.81 
 
 		 284 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  39.07 
 
 		 288 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.94 
 
 		 256 aa  156  4e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  39.16 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.57 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  37.41 
 
 		 259 aa  149  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.59 
 
 		 285 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 		 271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.28 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  41.51 
 
 		 259 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  41.64 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  37.23 
 
 		 247 aa  146  5e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.29 
 
 		 270 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.1 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 270 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  40.75 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 252 aa  143  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 252 aa  143  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 247 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.59 
 
 		 252 aa  142  7e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.67 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 248 aa  142  9e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.79 
 
 		 276 aa  142  9e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 271 aa  142  9e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 275 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  39.33 
 
 		 255 aa  141  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.2 
 
 		 270 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0627  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 245 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.801846  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 270 aa  140  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  38.38 
 
 		 270 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0675  tRNA pseudouridine synthase A  39.05 
 
 		 245 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0391  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.16094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0263  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 246 aa  139  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 245 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  35.82 
 
 		 249 aa  139  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 274 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.19 
 
 		 270 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  32.82 
 
 		 244 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  34.57 
 
 		 259 aa  138  8.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  35.21 
 
 		 273 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 245 aa  138  8.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0079  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 		 245 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.594696  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 		 261 aa  138  8.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.83 
 
 		 262 aa  137  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.11 
 
 		 260 aa  138  1e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  35.4 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>