More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_4284 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 276 aa  543  1e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  88.77 
 
 		 276 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  59.4 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  61.9 
 
 		 296 aa  288  7e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  60.15 
 
 		 273 aa  288  9e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  57.66 
 
 		 284 aa  284  9e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  60.22 
 
 		 314 aa  281  8.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  56.83 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  58.52 
 
 		 274 aa  275  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 279 aa  270  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  55.39 
 
 		 294 aa  265  8.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  55.72 
 
 		 291 aa  263  2e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  53.5 
 
 		 300 aa  262  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  54.44 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  54.89 
 
 		 282 aa  249  4e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  52.86 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.22 
 
 		 275 aa  239  4e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  52.06 
 
 		 268 aa  238  8e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  52.3 
 
 		 286 aa  235  6e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  51.91 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  48.91 
 
 		 297 aa  231  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  50.52 
 
 		 346 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.45 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 293 aa  222  6e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  50.9 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  46.81 
 
 		 280 aa  218  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  50.18 
 
 		 306 aa  216  4e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  47.39 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  45.88 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  57.89 
 
 		 360 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  44.8 
 
 		 310 aa  192  6e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  52.38 
 
 		 252 aa  188  9e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  39.86 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  38.72 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  40.62 
 
 		 245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  38.19 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.47 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  39.04 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  142  6e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 261 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 270 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 270 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 270 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  38.25 
 
 		 270 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  141  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 261 aa  141  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  37.01 
 
 		 261 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.16 
 
 		 278 aa  139  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.08 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.38 
 
 		 270 aa  139  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  39.85 
 
 		 266 aa  137  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2800  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 		 283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.420943  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 252 aa  136  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 262 aa  135  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 283 aa  135  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  31.05 
 
 		 247 aa  135  7.000000000000001e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  35.02 
 
 		 252 aa  135  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 269 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  32.94 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.7 
 
 		 270 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.43 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  35.04 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.33 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.98 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  34.11 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  34.13 
 
 		 252 aa  133  3e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>