More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1735 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  65.78 
 
 		 305 aa  400  9.999999999999999e-111  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  47.02 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  47 
 
 		 306 aa  249  5e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  46.51 
 
 		 310 aa  247  1e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  46.25 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  45.7 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  45.72 
 
 		 288 aa  227  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  43.19 
 
 		 287 aa  227  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  44.48 
 
 		 268 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  44.83 
 
 		 296 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  43.97 
 
 		 297 aa  220  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  44.01 
 
 		 280 aa  218  1e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  44.12 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 279 aa  216  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  42.86 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 294 aa  212  7.999999999999999e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  41.25 
 
 		 273 aa  206  4e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  43.19 
 
 		 274 aa  206  6e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 284 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  43.05 
 
 		 282 aa  202  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  40.85 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  42.86 
 
 		 275 aa  198  9e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  42.9 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  40.47 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  42.96 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 297 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  39.93 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  38.56 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  40.21 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  42.08 
 
 		 252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  39.62 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 		 245 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  31.69 
 
 		 250 aa  135  7.000000000000001e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  32.63 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  31.6 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 		 270 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4942  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.12 
 
 		 272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.27 
 
 		 278 aa  129  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  32.87 
 
 		 270 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.03 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  32.06 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  32.06 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  35.09 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  32.63 
 
 		 267 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  32.16 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 252 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  32.64 
 
 		 270 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  32.76 
 
 		 274 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  31.93 
 
 		 270 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  32.2 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  30.21 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  32.28 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  33.68 
 
 		 256 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  30.99 
 
 		 244 aa  124  3e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  31.49 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  30.04 
 
 		 264 aa  123  4e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  31.94 
 
 		 270 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0048  tRNA pseudouridine synthase A  31.34 
 
 		 253 aa  122  7e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.93 
 
 		 246 aa  122  7e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  31.83 
 
 		 261 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  31.83 
 
 		 261 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 270 aa  122  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  31.49 
 
 		 253 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.47 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  31.83 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  32.18 
 
 		 261 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  32.07 
 
 		 274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  29.82 
 
 		 244 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1634  tRNA pseudouridine synthase A  33.91 
 
 		 250 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.228905  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  34.27 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>