More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_1219 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 300 aa  595  1e-169  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  59.22 
 
 		 288 aa  306  3e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  59.77 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  58.48 
 
 		 282 aa  295  5e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  59.4 
 
 		 276 aa  291  9e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  58.3 
 
 		 273 aa  284  1.0000000000000001e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  60.78 
 
 		 276 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  57.46 
 
 		 294 aa  281  8.000000000000001e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  59.78 
 
 		 274 aa  281  8.000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  55.47 
 
 		 284 aa  279  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  55.88 
 
 		 279 aa  276  3e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  52.94 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  55.76 
 
 		 297 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  57.35 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 291 aa  258  6e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  53.65 
 
 		 314 aa  256  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  51.51 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  52.63 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  51.51 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  51.19 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  53.11 
 
 		 268 aa  253  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  53.68 
 
 		 297 aa  251  7e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 299 aa  251  8.000000000000001e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  54.09 
 
 		 305 aa  246  4e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  48.71 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  51.25 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  49.29 
 
 		 287 aa  232  5e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  51.05 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  47.1 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  48.04 
 
 		 310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  58.2 
 
 		 360 aa  204  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  43.27 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  41.79 
 
 		 280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  42.07 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  53.52 
 
 		 252 aa  189  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  38.82 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.13 
 
 		 271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.54 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  34.44 
 
 		 247 aa  145  6e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 		 259 aa  145  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  36.65 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.25 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  34.63 
 
 		 262 aa  143  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.84 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  34.38 
 
 		 256 aa  143  4e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3334  tRNA pseudouridine synthase A  36.22 
 
 		 273 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000208005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.61 
 
 		 271 aa  142  7e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.51 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  39.37 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  35.96 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  35.46 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 		 257 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.41 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.41 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.36 
 
 		 258 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 269 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 264 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  38.04 
 
 		 264 aa  139  7.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 264 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  37.12 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  36.51 
 
 		 259 aa  138  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  32.14 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 269 aa  138  1e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  32.02 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.11 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0232986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  31.35 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  30.56 
 
 		 247 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.86 
 
 		 244 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  34.78 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 252 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  38 
 
 		 253 aa  136  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  30.86 
 
 		 252 aa  136  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 252 aa  136  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  31.73 
 
 		 260 aa  136  5e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  35.69 
 
 		 283 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 		 252 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  31.62 
 
 		 247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 247 aa  135  8e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  35.5 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.999551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>