More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_0658 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 293 aa  570  1.0000000000000001e-162  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  66.67 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  62.5 
 
 		 287 aa  342  5e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  64.24 
 
 		 286 aa  335  5e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  60.54 
 
 		 310 aa  331  1e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  59.74 
 
 		 346 aa  308  5.9999999999999995e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  57.72 
 
 		 296 aa  292  5e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  55.48 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  56.49 
 
 		 288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  57.3 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  55.67 
 
 		 279 aa  276  2e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  55.9 
 
 		 268 aa  272  5.000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  54.93 
 
 		 284 aa  268  7e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  49.83 
 
 		 280 aa  268  1e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  49.31 
 
 		 297 aa  255  5e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  56.51 
 
 		 297 aa  254  9e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 274 aa  253  4.0000000000000004e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  47.02 
 
 		 303 aa  249  4e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  54.26 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 282 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 		 275 aa  246  4e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  61.83 
 
 		 252 aa  246  4.9999999999999997e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  53.12 
 
 		 297 aa  243  3e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  52.07 
 
 		 300 aa  242  6e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  45.51 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  53.29 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  51.27 
 
 		 273 aa  231  9e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  49.65 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  49.13 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  49.13 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  49.13 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  47.1 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  47.93 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  48.41 
 
 		 276 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  47.46 
 
 		 298 aa  212  7e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  49.32 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  47.39 
 
 		 276 aa  203  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  54.87 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  40.15 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.93 
 
 		 262 aa  152  5e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.93 
 
 		 262 aa  152  8e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.78 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.57 
 
 		 274 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 271 aa  149  5e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  34.75 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  39.21 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 257 aa  147  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 274 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  31.2 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  37.31 
 
 		 270 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.77 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  35.61 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  36.96 
 
 		 259 aa  143  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  36.53 
 
 		 267 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  36.9 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  39.39 
 
 		 245 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.52 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 261 aa  142  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  36.7 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  36.7 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  38.58 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  35.07 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 248 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0037  tRNA pseudouridine synthase A  39.77 
 
 		 266 aa  140  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.848154 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.7 
 
 		 261 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  37.77 
 
 		 265 aa  139  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 273 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  39.43 
 
 		 270 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  34.06 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1337  tRNA pseudouridine synthase A  37.41 
 
 		 269 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.354676  normal  0.497364 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1368  tRNA pseudouridine synthase A  35.84 
 
 		 276 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 278 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.371859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  34.18 
 
 		 261 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.74 
 
 		 270 aa  136  4e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  32.97 
 
 		 249 aa  136  4e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 262 aa  136  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  31.23 
 
 		 256 aa  135  7.000000000000001e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  35.51 
 
 		 270 aa  135  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 248 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  30.74 
 
 		 252 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 261 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>