More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2123 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 257 aa  505  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  51.26 
 
 		 261 aa  201  7e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  42.75 
 
 		 294 aa  176  5e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  38.27 
 
 		 248 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  42.34 
 
 		 259 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  44.03 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  42.98 
 
 		 245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0504  tRNA pseudouridine synthase A  37.76 
 
 		 248 aa  161  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00170943  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  41.06 
 
 		 271 aa  160  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4667  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  44.88 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 263 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.43 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  43.39 
 
 		 264 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_446  pseudouridylate synthase  37.24 
 
 		 246 aa  159  4e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000332106  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  35.71 
 
 		 244 aa  159  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0020  tRNA pseudouridine synthase A  36.73 
 
 		 243 aa  158  1e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  37.4 
 
 		 264 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1933  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  42.7 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  34.96 
 
 		 262 aa  156  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  39.66 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  43.93 
 
 		 274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  39.67 
 
 		 261 aa  155  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  39.69 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  42.39 
 
 		 273 aa  154  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.39 
 
 		 259 aa  153  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  42.69 
 
 		 268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  40.84 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  42.97 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  36.18 
 
 		 261 aa  152  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 244 aa  152  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  34.98 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  151  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0481  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.000000089193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  42.5 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.03 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  31.12 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  34.16 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 299 aa  149  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 299 aa  149  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 299 aa  149  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  40.6 
 
 		 346 aa  149  4e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 245 aa  149  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 262 aa  149  5e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 252 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 		 252 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1075  tRNA pseudouridine synthase A  35.77 
 
 		 262 aa  149  6e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  32.53 
 
 		 258 aa  148  7e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.63 
 
 		 261 aa  148  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  36.78 
 
 		 270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 252 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  37.1 
 
 		 252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  36.63 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  37.15 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.6 
 
 		 267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  41.64 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  40.89 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  32.91 
 
 		 244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  35.52 
 
 		 305 aa  146  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  44.67 
 
 		 276 aa  146  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2742  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 261 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0368715  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  41.8 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2836  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0418534  hitchhiker  0.00932261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1617  tRNA pseudouridine synthase A  36.21 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00313277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  41.09 
 
 		 299 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  32.92 
 
 		 252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  41.63 
 
 		 287 aa  145  5e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0483  tRNA pseudouridine synthase A  34.55 
 
 		 248 aa  145  6e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 256 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  36.07 
 
 		 261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  41.83 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  38.82 
 
 		 244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>