More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5154 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 279 aa  552  1e-156  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  76.74 
 
 		 296 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  66.91 
 
 		 288 aa  344  8e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  61.01 
 
 		 294 aa  311  9e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  61.9 
 
 		 284 aa  305  7e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  61.65 
 
 		 268 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  61.15 
 
 		 286 aa  297  2e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  59.49 
 
 		 274 aa  296  2e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  60.45 
 
 		 275 aa  285  8e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  57.6 
 
 		 300 aa  280  1e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  55.87 
 
 		 287 aa  277  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  55.41 
 
 		 346 aa  277  1e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  55.67 
 
 		 293 aa  276  2e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  55.88 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  59.09 
 
 		 297 aa  273  3e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  58.57 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  59.02 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  58.05 
 
 		 282 aa  268  8e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  56.18 
 
 		 273 aa  266  2.9999999999999995e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  54.55 
 
 		 310 aa  262  4.999999999999999e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  58.37 
 
 		 276 aa  256  2e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  56.73 
 
 		 276 aa  256  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  53.6 
 
 		 299 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  53.07 
 
 		 297 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 291 aa  253  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  50.53 
 
 		 297 aa  253  3e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  49.47 
 
 		 280 aa  249  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  63.09 
 
 		 252 aa  248  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  53.62 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  52.21 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  68.62 
 
 		 360 aa  244  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  54.35 
 
 		 299 aa  243  3e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  52.67 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  48.59 
 
 		 297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  44.19 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  44.19 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  40.38 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  39.55 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 271 aa  162  6e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.18 
 
 		 270 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.86 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  45.34 
 
 		 257 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  41.34 
 
 		 255 aa  155  7e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  39.54 
 
 		 267 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  40.47 
 
 		 259 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  40.31 
 
 		 274 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  41.57 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4411  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3956  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0536594  normal  0.184707 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3572  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 270 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00438278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2127  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00123964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  37.69 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 274 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  39.53 
 
 		 284 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2207  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.02 
 
 		 261 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 		 270 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  41.02 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 		 285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  39.3 
 
 		 261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  39.7 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1018  pseudouridylate synthase  39.45 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2441  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 261 aa  145  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238005  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.48 
 
 		 248 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.94 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.8 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.58 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  35.97 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  35.97 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 		 264 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 256 aa  143  3e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  35.16 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2759  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>