More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_3109 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_3109  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 286 aa  551  1e-156  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2620  tRNA pseudouridine synthase A  66.78 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4288  tRNA pseudouridine synthase A  67.62 
 
 		 288 aa  335  3.9999999999999995e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.620065  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0658  tRNA pseudouridine synthase A  64.24 
 
 		 293 aa  335  5e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.426899  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29400  pseudouridylate synthase I  61.35 
 
 		 287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.1432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2616  tRNA pseudouridine synthase A  64.02 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0595  tRNA pseudouridine synthase A  63.6 
 
 		 294 aa  305  8.000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.436943 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5154  tRNA pseudouridine synthase A  61.15 
 
 		 279 aa  297  2e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.195409 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20550  pseudouridylate synthase I  59.71 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.703936  normal  0.499894 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0612  tRNA pseudouridine synthase A  61.84 
 
 		 274 aa  293  3e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23260  pseudouridylate synthase I  58.54 
 
 		 346 aa  287  2e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0336  tRNA pseudouridine synthase A  64.02 
 
 		 297 aa  286  2e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0521282  decreased coverage  0.000493402 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0615  tRNA pseudouridine synthase A  56.63 
 
 		 310 aa  286  4e-76  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3871  tRNA pseudouridine synthase A  58.55 
 
 		 268 aa  285  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2653  tRNA pseudouridine synthase A  54.96 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6020  tRNA pseudouridine synthase A  60.78 
 
 		 275 aa  272  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0748411  normal  0.102476 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2938  tRNA pseudouridine synthase A  52.31 
 
 		 280 aa  268  5.9999999999999995e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.34184  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0717  tRNA-pseudouridine synthase I  68.25 
 
 		 252 aa  265  5e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.128941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0966  tRNA pseudouridine synthase A  56.74 
 
 		 284 aa  265  7e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.982634  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4476  tRNA pseudouridine synthase A  56.88 
 
 		 282 aa  255  5e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3380  tRNA pseudouridine synthase A  55.12 
 
 		 273 aa  254  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04290  pseudouridylate synthase I  55.28 
 
 		 300 aa  252  4.0000000000000004e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.477492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16880  pseudouridylate synthase I  54.8 
 
 		 297 aa  251  1e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6581  tRNA-pseudouridine synthase I  56.18 
 
 		 314 aa  250  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.22035  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13492  tRNA pseudouridine synthase A  54.77 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.39431  normal  0.20778 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3667  tRNA pseudouridine synthase A  53.28 
 
 		 291 aa  248  8e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1174  tRNA pseudouridine synthase A  56.74 
 
 		 305 aa  246  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.329599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1219  tRNA pseudouridine synthase A  52.82 
 
 		 300 aa  245  4.9999999999999997e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0289108 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0280  tRNA pseudouridine synthase A  46 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1115  tRNA pseudouridine synthase A  52.5 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1132  tRNA pseudouridine synthase A  52.5 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1144  tRNA pseudouridine synthase A  52.14 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1735  pseudouridylate synthase  45.7 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.347749  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1438  tRNA pseudouridine synthase A  53.76 
 
 		 299 aa  229  5e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4968  tRNA pseudouridine synthase A  51.97 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0803704  normal  0.567804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4284  tRNA pseudouridine synthase A  51.59 
 
 		 276 aa  224  1e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.143987  hitchhiker  0.00623467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1120  tRNA-pseudouridine synthase I  66.15 
 
 		 360 aa  222  4.9999999999999996e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3893  tRNA-pseudouridine synthase I  53.41 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2123  tRNA pseudouridine synthase A  44.88 
 
 		 257 aa  160  2e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.521479  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 		 256 aa  155  1e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1744  tRNA pseudouridine synthase A  39.31 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 262 aa  152  8e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21360  pseudouridylate synthase I  42.8 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0418388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1051  tRNA pseudouridine synthase A  40.54 
 
 		 255 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000873816  hitchhiker  0.00519599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.46 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1129  tRNA pseudouridine synthase A  41.38 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34220  tRNA pseudouridine synthase A  38.11 
 
 		 288 aa  146  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.823963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 262 aa  147  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  37.97 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.51 
 
 		 246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.36 
 
 		 255 aa  145  9e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2502  tRNA pseudouridine synthase A  36.54 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419434  normal  0.63805 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.26 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.69 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  37.87 
 
 		 274 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 270 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 		 258 aa  142  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  30.5 
 
 		 244 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1815  tRNA pseudouridine synthase A  37.46 
 
 		 274 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1528  tRNA pseudouridine synthase A  37.82 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.141519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  32.96 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.16 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  30.5 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  33.95 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2139  tRNA pseudouridine synthase A  36.86 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.357252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 248 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1662  tRNA pseudouridine synthase A  38.15 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.192563  normal  0.747967 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2040  tRNA pseudouridine synthase A  35.11 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.545725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 252 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  36.5 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  38.01 
 
 		 271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.22 
 
 		 270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  36.26 
 
 		 263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 247 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1368  tRNA pseudouridine synthase A  44.96 
 
 		 261 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3767  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  33.97 
 
 		 248 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 267 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1486  tRNA pseudouridine synthase A  34.33 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039876  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2487  tRNA pseudouridine synthase A  43.51 
 
 		 252 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  36.88 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  37.45 
 
 		 270 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>